粪菌移植，Fecalmicrobiotatransplantation，简称“FMT”，指将健康人粪便中的功能菌群，移植到患者胃肠道内，重建新的肠道菌群，实现肠道及肠道外疾病的治疗。粪菌移植目前已被临床医学指南及共识推荐用于治疗复发性或难治性艰难梭菌感染（Clostridiumdifficileinfectious，CDI）；并逐渐推广应用于慢性便秘、腹泻、肠易激综合征（irritablebowelsyndrome，IBS）和炎性肠病（inflammatoryboweldisease，IBD）等肠道功能性和器质性病，以及神经精神系统（自闭症、焦虑、抑郁症和帕金森病）、代谢系统和肿瘤免疫等疾病的治疗。FMT治疗对于传统治疗无效、且与肠道菌群紊乱有密切关系的肠道内外疑难疾病是一个新的、有深远影响意义的治疗选择。
其也被少数人称为“粪便移植”、“粪菌治疗”和“肠菌移植”或“肠微生态移植”，属于菌群移植技术中的一种。通俗上被人们称为“吃屎”，话糙理不糙，但是它的过程绝非你想象的那样。
年底OpenBiome在美国创立，这是世界上第一个非营利性粪菌银行。专注于为医疗机构提供合适粪菌供体样本，治疗多发性艰难梭菌感染。它的出现让人们惊奇地发现，竟然有一个机构可以存储自己的大便，并且大便竟然还能治病。更为心动的是，大便能换钱！让不少网友直呼错失几个亿。
某招募群内发布的北京某公司大便捐赠志愿者招募信息
中国也在年由南京医院牵头成立我国首家粪菌银行—中华粪菌库，开始了中国使用粪菌用于临床治疗的探索。
年又在中国香港设立了亚洲益菌中心。
世界主要粪菌银行分布统计资料来源：《Howto:Establishandrunastoolbank》和各粪菌银行