工业化影响了人类肠道生态系统，导致微生物组的构成和多样性发生变化。然而，细菌基因组是否也能适应其宿主群体的工业化目前尚不明确。
近期，科学家对来自全球不同工业化程度的15个人群进行了大规模的肠道基因组研究，发现工业化提高了人类微生物群水平基因转移（HGT），研究结果发表在《Cell》杂志，标题为“Elevatedratesofhorizontalgenetransferintheindustrializedhumanmicrobiome”。
研究人员收集并分离了48个个体的肠道菌群，这48个个体来自15个工业化程度不同的人群，根据生活方式的差异分为农村非工业化、城市非工业化、农村工业化和城市工业化四种类型，共获得个独立的基因组。在此基础上，研究人员研究并分析了个体肠道微生物群在近期发生的HGT、不同细菌种群在个体中获得基因的频率、HGT在不同人群的肠道微生物群中发生的频率。结果显示，HGT在个体肠道菌群中发生的频率很高，且发生在个体内部的频率高于个体之间。通过对人群的比较发现，工业化生活方式与较高频率的HGT相关，宿主的工业化水平影响了被转移基因的功能。
总之，这项研究表明，肠道细菌受宿主生活方式的影响不断获得新的功能，人类肠道中HGT的高发生率可能是对工业化生活方式的反应。
人的肠道具有多种多样的微生物群落，它们之间存在较大差异。此前的交叉-横断面分析已将这些变异与人类健康和疾病表型相关联。肠道微生物群也会在个体的生命过程中发生变化，该变化与宿主健康和疾病状况之间存在互为因果的多重联系。此前多项研究评估了微生物分类学组成的时间变化，并为针对宿主与微生物组串扰对健康和疾病的后果进行针对性的机制性研究奠定了基础，包括早期的研究儿童期，早发1型和2型糖尿病和炎症性肠病等。
然而，关于肠道微生物组的时间变化趋势的几个重要问题仍需要得到进一步揭示。首先，除了肠道微生物组成外，微生物基因组的遗传组成也会随时间动态变化。物种演化和菌株替代导致的微生物基因组变化，例如单核苷酸突变和基因组区域的获得或丢失，与人类疾病的发展有关。然而，关于微生物遗传组成的时间变化的研究仍然缺乏。其次，尽管横断面关联分析报告了许多与宿主健康和疾病之间存在关联的微生物群组特征，但其普遍缺乏纵向（即时序性）验证。第三，鉴于近几十年来抗生素的广泛使用，包括抗生素耐药性和*力因子等在内的其它细菌衍生物已成为主要