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人体处于健康状态时，小肠内应该只有少量的微生物：个/毫升，主要是乳酸杆菌、念珠菌和梭状芽孢杆菌。但如果遇到某种原因（如使用抗生素、胃酸分泌减少，肠动力不足等），小肠内的细菌数量会大大增加，造成小肠内的异常发酵，发酵产物（酸和气）造成腹痛和腹胀，同时破坏肠道黏膜，导致肠道通透性增加，甚至发生肠漏。症状最常见的症状是饭后腹胀，特别是在吃了谷物、面包等含淀粉的食物以后。其他症状还有产气、嗳气、消化不良、烧心、恶心、腹痛、抽筋和便秘、腹泻，或者兼而有之。因为小肠细菌过度生长的症状与肠易激综合征（IBS）相似，医生常常把小肠细菌过度生长误诊为肠易激综合征。常见的症状有：◆脘腹胀满，嗳气。◆腹痛绞痛。◆便秘、腹泻或两者交替。◆脂肪泻。◆恶心、烧心或反酸。◆多种食物过敏。◆疲乏无力。◆关节疼痛。◆酒渣鼻和痤疮。相关的疾病◆肠易激综合征。◆炎症性肠病（克罗恩病+溃疡性结肠炎）。◆自身免疫疾病。◆自闭症。◆多动症。◆精神分裂症。◆哮喘。◆慢性疲劳/纤维肌痛。◆缺铁性贫血。◆胰腺功能不全。◆不安腿综合征。◆抑郁。◆焦虑。